Nel 2011 inizia la carriera da allenatore nelle giovanili del Cagliari, prima Giovanissimi poi Primavera. Nel 2012 diventa vice di Pulga in Prima Squadra dove conquista la salvezza con 6 turni di anticipo. Nel 2013 viene promosso primo allenatore ma sotto la supervisione di Pulga perché privo del patentino A.
Il 1° luglio 2014 rescinde il contratto con il Cagliari per accasarsi al Bologna retrocesso in serie B dove rimarrà fino al 4 maggio del 2015 quando viene esonerato con la squadra precipitata al quarto posto in classifica.
il 26 gennaio 2017 assume la guida del Palermo sostituendo il dimissionario Eugenio Corini. Rimarrà fino alla risoluzione consensuale del contratto 17 ottobre. Il giorno seguente torna al Cagliari in sostituzione di Massimo Rastelli dove rimane fino al 30 maggio 2018 quando rescinde il contratto con i sardi.
Il 7 giugno per la prima volta torna in Uruguay da allenatore con il Penarol dove rimane fino alla fine del contratto.
il 4 febbraio torna in Italia e diventa allenatore del Brescia
